xGen™ cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit | Zabýváme se dodávkou a distribucí výrobků pro laboratorní diagnostiku a IVF

Kit určený pro tvorbu NGS knihoven z degradovaných vzorků nebo nízké vstupní koncentrace DNA, který využívá patentovanou metodu ligace.

Podrobnější informace o produktu

xGen™ cfDNA & FFPE DNA Library Prep v2 MC Kit umožňuje vysoce komplexní identifikaci variant z degradovaných vzorků a nízké vstupní koncentrace DNA (1-250 ng). Patentovaná ligační strategie soupravy maximalizuje konverzi a výrazně snižuje tvorbu adaptérových dimerů. Sekvence unikátních molekulárních identifikátorů (UMI) inkorporované během jednořetězcové ligace zajišťují deduplikaci a korekci chyb. Tento přístup umožňuje identifikaci variant při ≤ 1 % VAF.

Souprava vytváří knihovny pro sekvenování nové generace (NGS) vhodné pro mnoho výzkumných aplikací, které používají degradované vzorky:

identifikace somatických variant SNP s nízkou frekvencí
detekce inserce/delece (indely)
identifikace dědičných zárodečných SNP a indelů
sekvenování celého genomu (WGS)

Protokol trvá přibližně 4 hodiny a zahrnuje pouze čtyři hlavní kroky, což minimalizuje manipulaci se vzorky:

Oprava konců: Směs enzymů pro opravu konců přemění cfDNA nebo sestříhanou vstupní DNA, jako je FFPE DNA, na DNA s ořezanými konci, která je připravena k ligaci.
Ligace 1: Ligation 1 Enzyme katalyzuje jednovláknové přidání Ligation 1 Adapteru pouze na 3′ konec inzertu. Tento nový enzym není schopen spojovat inzerty dohromady, což minimalizuje vznik chimér. Na 3′ konci Ligation 1 Adapter je také blokující skupinu, která zabraňuje tvorbě adaptérových dimerů.
Ligace 2: Ligation 2 Adapter funguje jako primer pro vyplnění mezer bázemi komplementárními k Ligation 1 Adapteru, po kterém následuje ligace na 5′ konec DNA insertu, čímž se vytvoří dvouvláknový produkt.
PCR amplifikace: Součástí balení je směs xGen 2x HiFi PCR Mix pro provedení indexovací PCR pro sekvenování na platformě Illumina®.

Sada obsahuje všechna činidla potřebná k opravě konců, ligaci 1, ligaci 2 a PCR. Indexovací primery (xGen UDI Primers) jsou dodávány samostatně.

Pro více informací, nás prosím, kontaktujte na e-mailu: diagnostika@pentagen.cz