xGen™ mikrobiální amplikonové panely | Zabýváme se dodávkou a distribucí výrobků pro laboratorní diagnostiku a IVF

NGS panely 16S v2 a ITS1 jsou určeny pro studium komplexních mikrobiálních společenstev pomocí jediného setu primerů zaměřeného na gen 16S rRNA či oblast ITS1.

Podrobnější informace o produktu

NGS panely 16S v2 a ITS1 jsou určeny pro studium komplexních mikrobiálních společenstev pomocí jediného setu primerů zaměřeného na gen 16S rRNA nebo oblast ITS1. V případě potřeby lze k těmto panelům přidat další cíle.

xGen 16S rRNA v2 je panel zaměřený na variabilní oblasti V1-V9 genu 16S rRNA
xGen ITS1 se zaměřuje na ITS (vnitřní přepisované mezerníkové oblasti) genů rRNA
Jednoduchý, dvouhodinový pracovní postup, v jedné zkumavce
Integrovaná normalizace knihoven umožňuje zjednodušené vyvažování knihoven a poolování bez nutnosti kvantifikace vzorků
Unikátní amplikonová chemie, která generuje clustery o vysoké rozmanitosti i bez použití PhiX, čímž je zajištěno efektivnější sekvenování

Parametry	Specifikace
Informace o panelu	16S v2: 23 párů primerů, průměrná velikost amplikonu 425 bp ITS1: 15 primerů, velikost amplikonů 145–695 bp
Vstupní materiál	10 pg pro mikrobiální izoláty; 1–50 ng pro metagenomické vzorky
Čas	2 hod. od cDNA po knihovnu nebo 3 hod. od cDNA po pool normalizovaných knihoven
Možnosti multiplexingu	Až 96 kombinatoriální duálních indexů (CDI) nebo 1536 unikátních duálních indexů (UDI)
Doporučený počet čtení	16S v2: 100K čtení na knihovnu ITS1: 25K čtení na knihovnu

Pracovní postup xGen Amplicon panelů probíhá v jedné zkumavce a je hotový za pouhé 2 hodiny. Vytvoření knihovny NGS začíná multiplexní PCR reakcí. Reagencie amplikonového panelu se zkombinují se vzorkem DNA a dojde k amplifikaci cílových sekvencí. Vzorky se poté amplifikují pomocí indexovacích primerů, aby se vytvořila duálně indexovaná knihovna. Pro zpoolování více xGen knihoven lze použít xGen Normalase, pro zajištění optimální koncentrace výsledné sekvenační knihovny.

Pokrytí primerů xGen 16S Amplicon Panel v2

xGen 16S Amplicon Panel v2 (primery). Pokrytí sekvenačních čtení pro vzorek DNA E. coli (n = 1) pozorované v Integrative Genomics Viewer (IGV) Sashimi plot a ilustrace pokrytí multiplexovaných primerů všech devíti variabilních oblastí 16S rRNA ve srovnání se standardním pokrytím sekvenačních čtení V3/V4 16S.

Pokrytí primerů xGen ITS1 Amplicon Panel

xGen ITS1 Amplicon Panel (primery). Pokrytí sekvenačních čtení pozorované v grafu IGV Sashimi a znázornění multiplexního pokrytí oblasti ITS1 primerů pro Candida albicans (n = 1). Čtení pocházející z forward primeru jsou znázorněna červeně; čtení z reverse primeru jsou znázorněna modře.

Reprezentace mikrobiálních společenstev při xGen 16S Amplicon Panel

xGen 16S Amplicon panel v2 poskytuje nadstandardní zastoupení jednotlivých mikrobiálních společenstev. Panel 16S v2 pokrývající oblasti V1-V9 16S rRNA poskytuje přesné zastoupení každého rodu v komerčně dostupném standardu (MSA-1003) ve srovnání s knihovnami, které zkoumají pouze oblasti V3-V4. Starší panel Accel-Amplicon 16S+ITS a nový panel xGen 16S Amplicon Panel v2 vykazují podobné výsledky relativního zastoupení. Kmeny byly v MSA-1003 přítomny v množství od 0,02 % do 18 %. Organizmy označené rámečkem nebyly zjištěny pouze při použití oblasti V3-V4. Knihovny byly sekvenovány na přístroji MiSeq® (Illumina) bez použití činidla PhiX. Jak ukazují příklady na tomto obrázku, díky tomu, že se čtení neztrácejí kvůli PhiX nebo se nemusí sekvenovat hlouběji kvůli použití fázovaných primerů, lze do sekvenovacího běhu umístit větší počet vzorků, čímž se zvýší účinnost sekvenování a zároveň se dosáhne kvalitních dat.

Pro více informací, nás prosím, kontaktujte na e-mailu: diagnostika@pentagen.cz